?专注R言语在?生物医学中的使用少妇白洁 麻豆

设为“星标”，精彩可以过

两样本孟德尔立地化专用R包TwoSampleMR，可以和 IEU open GWAS 数据库无缝贯穿，可通过在线的样貌径直查询数据库资源，并已矣分析、下载等功能。

除此除外，还可以使用腹地数据进行MR分析，是当今用的最多的MR分析R包，只好你作念MR分析，基本上不行能绕过这个包。是以我堤防学习了它的官方文档，整理下共享给各人~

本文目次：

安设

overview

基础使用

敏锐性分析

Steiger处所性磨砺

1-to-many forest plot

例1

例2

多变量MR（MVMR）

MR-MoE

Lululu

整合通盘成果

安设

remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

overview

使用TwoSampleMR进行MR分析主要即是4步：

为表示成分选拔相宜的用具变量（必要时进行连锁招架衡的过滤）对感兴趣的结局索求用具变量协调表示成分和结局的数据，使得reference allele保合手一致进行MR分析、敏锐性分析、可视化

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基础使用

径直使用IEU的API，使用在线的样貌查询、分析、索求IEU open GWAS 数据库中的用具变量。这个功能其实是借助ieugwasr已矣的。

领先咱们要选拔相宜的表示成分和结局，表示成分我这里选的是BMI（body mass index），结局选的是CHD（冠心病）。也即是我念念商议BMI对冠心病的因果相干。

BMI在IEU open GWAS 数据库中的ID是ieu-a-2，CHD的ID是ieu-a-7。

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选好之后，即是用代码查询表示和结局关联的SNP。

在索求表示成分关联的用具变量时，会自动进行去除连锁招架衡的SNP，由于这一步是在线进行的，需要联网，是以这一步对鸠集有条件，有可能会频繁失败，此时咱们也可以下载数据到腹地进行责罚（下次再讲），也可以赢得通常的成果。

索求结局关联的SNP这一步亦然在线进行的，也有可能会失败。

harmonise_data这一步是必须的少妇白洁 麻豆，以确保表示和结局的SNP的效应等位基因是通常的。

library(TwoSampleMR)# Registered S3 method overwritten by 'data.table':#   method           from# print.data.table     # TwoSampleMR version 0.5.8 # [>] New: Option to use non-European LD reference panels for clumping etc# [>] Some studies temporarily quarantined to verify effect allele# [>] See news(package='TwoSampleMR') and https://gwas.mrcieu.ac.uk for further details# List available GWASs#ao <- available_outcomes()# 索求表示关联的SNPexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2"， access_token = NULL)# API: public: http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/#save(exposure_dat，file = "./ieu/exposure_data_ieu-a-2.rdata")# 索求结局关联的SNPoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP，                                     outcomes = "ieu-a-7"，                                    access_token = NULL)# Extracting data for 79 SNP(s) from 1 GWAS(s)#save(outcome_dat， file = "./ieu/outcome_data_ieu-a-7.rdata")# 协调数据dat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Harmonising Body mass index